জামায়াত আমির মতিউর রহমান নিজামীর ফাঁসি কার্যকরে মঙ্গলবার (১০ এপ্রিল) বিকেলেই স্বরাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের মাধ্যমে কারাগারে পৌঁছায় সরকারের নির্বাহী আদেশ। স্বরাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের সে আদেশও তাকে পড়ে শোনানো হয়। এর পর থেকেই শুরু হয় ফাঁসি কার্যকরের চূড়ান্ত প্রস্তুতি। রাতেই নিজামীর স্ত্রী-পুত্র-পরিজনকে শেষবারের মতো তার সঙ্গে দেখা করার জন্য ডেকে পাঠায় ঢাকা কেন্দ্রীয় কারাগার কর্তৃপক্ষ। রাত ৮টা থেকে ৯টা ৩০ মিনিট পর্যন্ত ২৬ জন স্বজন কেন্দ্রীয় কারাগারে গিয়ে দেড় ঘণ্টার বেশি সময় ধরে শেষ সাক্ষাৎ করেন। মানবতাবিরোধী অপরাধে জামায়াতের আমির মতিউর রহমান নিজামীর ফাঁসি মঙ্গলবার রাতে কার্যকর করা হয়।
কারা সূত্র জানায়, এরপর ধর্মীয় রীতি অনুসারে নিজামীকে তওবা পড়ান কেন্দ্রীয় কারা মসজিদের ইমাম মনির হোসেন, নিজামীকে তওবা পড়িয়ে কনডেম সেল থেকে বের হতেই জল্লাদরা কনডেম সেলে ঢুকেন। রাত পৌনে বারটার দিকে তারা নিজামীকে নিয়ে যান ফাঁসির মঞ্চে। আগে থেকেই মঞ্চের পাশে রাখা ছিল মরদেহ বহনের জন্য অ্যাম্বুলেন্স। রাত ১২টা ১০মিনিটে জল্লাদ তানভীর হাসান রাজুর নেতৃত্বে ফাঁসি কার্যকর করা হয়।